اودر سال 1342 با آغاز فصل جديدي در مبارزات ملت ايران به رهبري امام خميني رحمت‌الله‌علیهمحمّد با سري پرشور به سرعت به دنبال رهبر و مُرادش حركت كرد و در تمامي صحنه‌هاي مبارزه از قيام و نهضت شكوه‌مند اسلامي دفاع مي‌كرد و با شركت فعال در تظاهرات اعتراض‌آميز و پخش اعلاميه‌هاي امام و مراجع در قم و شهرستان‌ها، در خط سرخ شهادت حركت مي‌كرد و به پيش مي‌رفت.

با پشت سر گذاشتن آن همه تلاش و مبارزه، بالاخره صبح روز اول فروردين ماه سال 45 در حرم مطهر حضرت معصومه توسط ساواك دست‌گير شد.

ساواك انواع شكنجه‌هاي روحي و جسمي را به محمّدوارد می‌کند، به اين اميد واهي كه او را به حرف درآورد؛ چرا كه مي‌دانست محمّد حامل اسرار مهمّي است.

كارهاي محمّد در زندان ساواك، علاوه بر مطالعه‌ی قرآن و حديث و آشنايي كامل با مفاهيم اسلامي، عبارت بود از مطالعه و فراگيري اقتصاد، تكميل زبان انگليسي، آشنايي بيشتر با مكتب‌ها و سازمان‌هاي سياسي و آموختن بيشتر مسائل اجتماعي. در همين دوره از زندان بود كه محمّد در اثر برخورد با افراد گوناگون و ديدن نقاط ضعف به اين نتيجه رسيد كه بزرگ‌ترين اشكال كار مبارزين مذهبي، نداشتن يك تشكيلات منسجم است؛ لذا بخش ديگري از اوقات خود را صرف يافتن راه حلي براي آن كرد. بعدها كه از زندان آزاد شد، يك روز در جلسه‌اي دوستانه گفت: بعضي شب‌ها در زندان تا صبح در گوشه‌اي به تنهايي بيدار مي‌ماندم و فكر مي‌كردم كه چگونه بايد يك تشكيلات قوي و حساب شده اسلامي به وجود آورد تا جوانان مظلوم در دام گرگان شرق و غرب نيفتند.

محمّد منتظري سرانجام در سال 47 از زندان آزاد مي‌شود و به ادامه‌ی گسترش خط فكري شكل يافته خود و شناسايي و ارزيابي افراد مي‌پردازد.

وي در دوران ستم‌شاهي با مطرح كردن سلسله درس‌هاي لزوم تأمين حكومت اسلامي در ميان طلاب و عملاً به مبارزه با رژيم طاغوت پرداخت. در سال 48 پس از سرمايه‌گذاري كلان صهيونيست‌ها در ايران محمّد منتظري اعلاميه‌اي بر ضد اين حركت منتشر ساخت. سپس به علت اين‌كه تحت تعقيب ساواك قرار داشت، به پاكستان سفر كرد و در آن‌جا دوره جديدي از فعاليت‌هاي خود را آغاز كرد.

در سال 52 بالاخره به عراق سفر كرد و به حضور حضرت امام رسيد و در آن‌جا به ادامه‌ی مبارزه پرداخت. پس از آن شهيد منتظري به چند كشور اروپايي سفر كرد و در آن‌جا نيز مبارزات خود را تكميل نمود.

سرانجام در دي ماه سال 57 به ايران بازگشت و در سازماندهي مراسم استقبال از رهبر و مرادش فعالانه شركت كرد.

محمّد منتظري به همراه ياران خود اصلي‌ترين نقش را در تشكيل سپاه پاسداران انقلاب اسلامي و كميته‌ی انقلاب اسلامي داشت.